初期侵華日軍在中華民國首都南京犯下的大規模屠殺、強姦以及縱火、搶劫等戰爭罪行與反人類罪行。日軍暴行的高潮從1937年12月13日攻占南京開始持續了6周，直到1938年2月南京的秩序才開始好轉。據第二次世界大戰結束後遠東國際軍事法庭和南京軍事法庭的有關判決和調查，在大屠殺中有20萬以上乃至30萬中國平民和戰俘被日軍殺害，約2萬中國婦女遭日軍姦淫，南京城的三分之一被日軍縱火燒毀。

在中國，自1947年南京軍事法庭審判以來，普遍認為約有30萬人在大屠殺中遇難。在日本，日本政府承認「發生過殺害非戰鬥人員和掠奪等行為」，但對遇難人數則曖昧不清。日本學界對遇難人數的估計有20萬人、4萬人、2萬人等幾種，也有認為南京大屠殺不存在的「否認派」。「否認派」的論調得到部分日本政商勢力的支持，在華人世界引起強烈反感，這也使得南京大屠殺成為嚴重影響中日關係的主要歷史問題之一。北京時間2015年10月10日，南京大屠殺獲聯合國教科文組織列入世界記憶遺產名錄。

日軍暴行經過

屠殺

南京安全區內的450名中國警察被日軍作為「敗殘兵」押往南京城西門外，他們將被集體屠殺日軍將中國平民集體活埋南京下關碼頭屍體堆積如山日軍正揮刀斬殺中國戰俘辛德貝格相冊中的原始說明寫道：「這名農民男孩被日軍用槍托打死，因為他沒有脫帽。」

日軍攻占南京時在戰場上俘虜了數萬中國官兵，在日軍高層的授意下，這些俘虜都被集體屠殺。此外，日軍還對那些換上便衣混入民間的中國潰兵進行了徹底的搜捕，凡是被認為有士兵嫌疑的人都被抓起來，繼而遭到集體屠殺。數萬中國平民在日軍搜捕潰兵的時候受到牽連被一同屠殺。在占領南京後的幾個星期裏，日軍毫無約束地在城內外遊蕩，隨意殺害平民，被日軍強姦、搶劫的受害人也往往被日軍殺死滅口。[28]被日軍屠殺的中國官兵和平民在20萬至30萬人以上。

集體屠殺

日軍對解除了武裝的中國軍警人員以及他們認為是可能參加過抗日活動和適合兵役年齡的中國青壯年，進行過若干次大規模的集體屠殺。二戰後，南京軍事法庭查證日軍在南京犯下的集體屠殺有28案，19萬餘人受害。

從12日深夜到13日，敗退下來的幾萬中國潰兵和逃難平民蜂擁至挹江門外的下關一帶，試圖渡江逃離南京。13日，日本陸軍第6師團、第13師團、第16師團從三個方向進攻下關，日本海軍也逆流而上抵達下關江面，數萬中國潰兵和平民被合圍在下關沿江的狹長地帶。在這一天，即日軍占領南京的第一天，日軍就殺害了大量潰兵、降兵、俘虜以及難民。

日軍報稱，13日清晨，第6師團步兵第45連隊從長江上游向下關進軍，途中殲滅了一支正在逃離的中國大部隊。第16師團從南京城東撲向下關，其中步兵第30旅團的先頭部隊上午10點抵達下關，用坦克炮和重機槍射殺在岸邊聚集和正逃往江上的「潰兵」，用光了1萬5千發子彈；第33聯隊前進途中殲滅了一千幾百名前往下關的「潰兵」；第16師團主力的先頭部隊在下午2點30分到達下關，在岸邊用重機槍及高速炮向在江上漂流的潰兵猛烈射擊兩個小時，使2000多人葬身江中。第13師團的山田支隊從長江下游沿南岸進擊，下午占領烏龍山炮台後通過燕子磯向幕府山炮台前進，途中在幕府山北面長江南岸（即草鞋峽）遭遇大量潰兵和避難民眾，山田支隊至14日清晨共俘虜14777人。同一天，日本海軍第11戰隊突破了烏龍山封鎖線，逆流而上向南京進發，向江上順流漂浮的潰兵用艦炮、機槍和步槍連續射擊。據上海派遣軍參謀長飯沼守的日記記錄：「海軍參謀松田的報告說，13日，11戰隊大部到達南京下游，殲滅了1萬乘木筏退逃的敵軍。」事實上，日軍在江邊射殺的「敗敵」和「殘敗兵」中不僅包括中國軍人，無疑也有許多想逃出南京的中國平民。

除了在下關江岸和江面的「殲滅戰」，日軍13日還殺害了大量未能前往下關的潰兵和難民。在城東，大批潰兵和難民從紫金山與幕府山之間向東逃亡時，撞上了在這一帶掃蕩的中島今朝吾第16師團。該師團步兵第30旅團旅團長佐佐木到一在日記中記述道：「這天遺棄在我支隊作戰區域內的敵軍屍體超過一萬幾千具，此外，再加上裝甲車在江上殲滅的，以及各部隊的俘虜，我們支隊共解決了兩萬以上的敵軍。」

分散屠殺

1937年12月13日，《東京日日新聞》（即現在的《每日新聞》）報道兩名日本軍官的「殺人競賽」。日軍第十六師團中島部隊兩個少尉軍官向井敏明和野田毅在其長官鼓勵下，彼此相約「殺人競賽」，商定在佔領南京時，誰先殺滿100人為勝者。他們從句容殺到湯山，向井敏明殺了89人，野田毅殺了78人，因皆未滿100，「競賽」繼續進行。12月10日中午，兩人在紫金山下相遇，彼此軍刀已砍缺了口。野田謂殺了105人，向井謂殺了106人。又因確定不了是誰先達到殺100人之數，決定這次比賽不分勝負，重新比賽誰殺滿150名中國人。這些暴行都一直在報紙上圖文並茂連載，被稱為「皇軍的英雄」。日本投降後，這兩個戰犯終以在作戰期間，共同連續屠殺俘虜及非戰中人員「實為人類蟊賊，文明公敵」的罪名在南京執行槍決。

姦淫

倖存者李秀英趟在鼓樓醫院的病床上。1937年12月，當時18歲的孕婦李秀英躲藏在南京安全區的一個地下室內。19日，日軍士兵闖入地下室企圖強姦這裡的婦女，李秀英在反抗中被刺傷三十多刀，胎兒流產。這張圖片是約翰·馬吉拍攝的膠片中的一幀。[31]

據估計，在日軍占領南京之後一至兩個月內，約有2萬至8萬名中國婦女遭到日軍強姦。日軍不分晝夜並在受害婦女的家人面前施行強暴，被強姦的婦女甚至包括12歲的幼女、60歲的老婦，乃至孕婦。很多婦女受到了輪姦，有些婦女甚至會被日軍強姦數次，類似的事件往往導致有婦女受不住日軍的折磨而死。受害人或是試圖保護她的親屬如果稍有反抗，往往就被日軍殺死，母親身邊的孩子因為哭鬧也經常被日軍一併殺害。此外，日軍還強迫亂倫行為，不從就加以殺害。日軍對婦女的大規模強姦和虐殺直到1938年2月才有所收斂。

約翰·馬吉牧師詳細記錄了一起典型的強姦滅門慘案。12月13日，30個日兵闖入夏淑琴一家與房東居住的門東新路口5號，他們先殺死了房東夫妻和夏淑琴的父親，用刺刀殺死了夏淑琴母親懷裡的1歲嬰兒，之後輪姦了母親和另一個房間裏16歲、14歲的兩個姐姐，她的祖父母在試圖保護孫女的時候被殺死。之後日兵殺死了慘遭姦淫的母女，並且在她們的陰道裏插進瓶子和木棍。當時7歲的夏淑琴和她4歲的妹妹被刺刀扎傷，她們因為昏死過去而倖存下來。最後，日兵殺死了房東的兩個孩子，4歲孩子被刺死，2歲孩子被用軍刀劈開腦殼。

日軍在南京期間對女性的姦淫惡行是在軍官默認、縱容、鼓動下的集團性暴力。日軍發現女性就加以姦淫的現象非常普遍，而日軍軍官通常不會將其作為違紀行為加以處理。不僅如此，日軍軍官還把放縱士兵強姦作為鼓舞士氣的工具。為了讓部下發泄在上海戰場上幾個月的苦戰中積鬱的不滿情緒並且鼓動部下進攻南京，日軍軍官向士兵宣傳只要攻入南京「就可以擁有漂亮的姑娘」、「殺人、放火、強盜、強姦都可以」。日軍舉行入城儀式後，數萬日軍闖入城內，一周之內就有8000以上中國女性遭到姦淫。魏特琳在金陵女子文理學院設立的收容所是日本士兵搜索「花姑娘」的主要目標之一。日軍占領南京十幾天後，罪行累累的各部陸續離開，而留在南京執行「警備」的第16師團仍然在長期進行強姦作案。1938年1月下旬，天谷支隊接替16師團之後，強姦案件進一步增加了。

劫掠與縱火

照片後方的日本士兵用手推車搬運從商店裡搶到的贓物。照片前方是大約五十具被害中國軍人和平民的屍體。1938年1月10日 Life 雜誌，第50頁。

南京淪陷之後的六個星期之內，日軍幾乎侵入了城內所有的建築物。據統計，城內外23.8%的建築被縱火焚毀，63.0%的建築遭到劫掠，因各種原因遭到破壞的建築合計88.5%，這些破壞絕大多數都是日軍在占領南京後造成的。

日軍占領南京初期，5萬日本士兵從中國難民那裡搶奪了大量生活用品和食物。此後的幾個星期，日軍闖入市內的建築進行了大規模的搶掠，有的時候他們在軍官的組織下將住宅、商店、機關、倉庫等建築洗劫一空，再用軍用車輛把贓物運走，即使各國使館也未能完全倖免。在占領南京後的一兩年內，日軍、日本憲兵還強占了大量中國人的店鋪、住宅和建築，有的直接由日軍占用，有的則無償交給來到南京的日本平民。除了日本軍人，少數日本隨軍記者也加入到搶掠的行徑當中。

從12月19日或20日開始，日軍開始在市內縱火。日軍在洗劫商店之後，經常將其付之一炬。市區南部從中華門到內橋、從太平路到新街口以及夫子廟一帶是南京主要的商業區，幾乎全被燒光，整個市區約三分之一的建築物被焚毀。

中國文化珍品也遭到了大掠奪。據統計，南京市共損失古物26584件，計商代青銅器、玉器等珍貴文物，字畫7720幅、書籍45979冊。

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